Діагностичні набори для виявлення SARS-CoV-2, включаючи варіант “Дельта”, від “Біокор Текнолоджі”: як вони працюють

SARS-CoV-2, як і інші представники таксону вірус, постійно мутує. Нові різновиди виявляють у всьому світі мало не щодня. Деякі варіанти можуть бути контагіознішими за інші. Всесвітня організація охорони здоров’я (ВООЗ) ввела буквені позначення для нових небезпечних штамів SARS-CoV-2: 

• альфа (B.1.1.7, британський);
• бета (B.1.351, південно-африканський);
• гамма (P.1, бразильський);
• дельта (B.1.617, індійський) і так далі. 

У травні 2021 р. у зв’язку з поширенням варіанту «Дельта» ВООЗ зарахувала його до варіантів вірусів, що «викликають занепокоєння». На сьогодні індійський штам коронавірусу SARS-CoV-2 стрімко поширюється по всьому світу. За даними ВООЗ його виявлено у 80 країнах світу, найбільше повідомлень про заражених цим різновидом SARS-CoV-2 надходить з Великобританії, Індії, США, Німеччини і РФ.

Читайте також: Чи впливають мутації коронавірусу на точність ПЛР-тестів?

Цей варіант був вперше виявлений ​​в Індії в жовтні 2020 року. Відтоді дослідники виділили три підтипи, відомі як B.1.617.1, B.1.617.2 і B.1.617.3. Кожен з яких має трохи різний генетичний склад. 18 червня 2021 року ВООЗ оголосила, що «Дельта» стає домінуючим варіантом хвороби в усьому світі. 

Всі небезпечні версії SARS-CoV-2 зазнали змін у своєму шипоподібному білку S – тій частині вірусу, яка відповідає за прикріплення вірусу до клітини людини. Білок S також є основною мішенню імунної системи, і, відповідно, частиною, на яку націлена більшість вакцин. Саме тому ділянка геному вірусу, що кодує білок S, служить ключовою областю для моніторингу мутацій. В результаті набутих генетичних змін нові варіанти коронавірусу можуть дещо швидше поширюватися та збільшувати ризик реінфікування. В індійському варіанті коронавирусу В.1.617 виявлені відразу дві мутації шипоподібного білка – E484Q і L452R. Окремо кожна з цих мутацій відома вже давно: E484Q схожа з E484K, яка була виявлена ​​в британському, південноафриканському і бразильському варіантах коронавирусу. Мутація L452R виявлена ​​в каліфорнійському варіанті CAL.20. C. 

Під час проведення ПЛР-тесту для виявлення SARS-CoV-2 потенційно можуть виникнути помилково негативні результати, якщо наявний у зразку пацієнта варіант містить мутацію в тій частині геному вірусу, на яку спрямований тест. З огляду на це ВООЗ рекомендує лабораторіям застосовувати діагностичні набори, які використовують кілька генетичних мішеней. Вони менш сприйнятливі до наслідків мутацій вірусу ніж ті, що націлені лише на одну область геному SARS-CoV-2. 

Діагностичні набори для виявлення SARS-CoV-2 виробництва «Біокор Текнолоджі» мають багатоцільовий дизайн (ORF1ab, N-ген). Для визначення потенційного впливу відомих мутацій компанія проводить періодичне оцінювання своєї продукції за допомогою комп’ютерного моделювання (in silico assessment). Порівняльний аналіз зони ампліфікації наборів виробництва «Біокор Текнолоджі» з референсним штамом Wuhan-Hu-1, а також новими варіантами SARS-CoV-2, що «викликають занепокоєння» показали відсутність варіацій нуклеотидів в цьому регіоні вірусу. Отже, фахівці лабораторної справи та клініцисти можуть бути впевнені у максимальній надійності отриманих результатів тестування.